El 24 de Febrero de 1951 fue fundada la Universidad de Querétaro; siete años después, el 29 de Enero de 1959, cambió su nombre a Universidad Autónoma de Querétaro (UAQ), al obtener la autonomía como resultado de un movimiento estudiantil que se desarrolló en diciembre de 1958. Desde 1983, por iniciativa del entonces rector, Braulio Guerra Malo, el 24 de febrero de cada año se conmemoran ambas fechas.

Juan Trejo Guerrero, cronista de la UAQ, recordó que la fundación de la Máxima Casa de Estudios del estado fue hace 64 años; y fungió como primer rector el Lic. Fernando Díaz Ramírez, mientras el Dr. Octavio S. Mondragón ejercía el cargo de gobernador de la entidad.

La UAQ inició clases con las escuelas Preparatorias, de Derecho, Ingeniería Civil, Ingeniería Topográfica y Enfermería y Obstetricia.

En 1952 el escritor José Vasconcelos acuñó el lema “Educo en la Verdad y en el Honor”. Ese mismo año, empezó a funcionar la Escuela de Ciencias Químicas; en 1953, la Escuela de Música y en 1954, la de Comercio, hoy Facultad de Contaduría y Administración.

Trejo Guerrero relató que la autonomía fue alcanzada gracias a las movilizaciones estudiantiles en el estado en diciembre de 1958 que buscaban la reinstalación del Lic. Fernando Díaz Ramírez como rector de la UAQ; “en aquel entonces el gobernador de Querétaro, Juan C. Gorráez Maldonado, tenía la facultad de nombrar a las autoridades universitarias y le había otorgado el cargo de rector al Dr. José Alcocer Pozo, lo cual generó un malestar en los universitarios que con apoyo de la sociedad queretana se movilizaron para poder reivindicar la situación de su Casa de Estudios”.

Alrededor de un mes después, se firmó un documento en el cual la XXXIX Legislatura local aprobó la creación de la Ley Orgánica de la Universidad, misma que se publicó en el periódico oficial “La Sombra de Arteaga” el 29 de enero de 1959, y que entró en vigor el 5 de febrero de ese año, con lo que fue posible conseguir la autonomía y reinstalar al Lic. Díaz Ramírez en su cargo.

En dicho documento se estableció que la Universidad es una “corporación autónoma con plena capacidad jurídica”, cuyos fines son “impartir, fomentar y divulgar la educación superior; elevar el nivel moral e intelectual de sus alumnos y formar profesionales, investigadores y técnicos útiles a la colectividad; promover manifestaciones de cultura artística y deportiva, y desarrollar en sus educandos las cualidades que tiendan al perfeccionamiento integral del individuo. 

La UAQ es heredera y depositaria de una tradición de educación superior que tiene sus antecedentes en los colegios de San Ignacio y San Francisco, que estuvieron dirigidos por los jesuitas de 1625 a 1767; con su expulsión, los colegios pasaron a manos del clero secular de 1778 a 1832, los cuales fueron cerrados y reabiertos durante la Independencia y la gestación de la República, hasta su cierre definitivo en 1867, de 1868 a 1950 se mantuvo como Colegio Civil del Estado.

Uno de los momentos más importantes de la Universidad ocurrió el 8 de Diciembre de 1973 en la explanada de Rectoría: el Presidente de la República, Luis Echeverría, inauguró en un acto multitudinario el campus universitario de Cerro de las Campanas y estuvo acompañado por el entonces gobernador del estado, Antonio Calzada Urquiza, y el Lic. José Guadalupe Ramírez Álvarez, exrector.

El Cronista de la Universidad resaltó el papel de todos los rectores que han dirigido a la UAQ a través de los años, pues realizaron grandes aportaciones a la historia y el desarrollo de la institución. Señaló que el Dr. Gilberto Herrera Ruiz ha generado cambios importantes en lo académico y en materia de investigación que han posicionado a esta Casa de Estudios como una de las más importantes y reconocidas del país.