En la tercera edición del Índice estatal de desempeño de las procuradurías y fiscalías 2019, realizado por la organización civil Impunidad Cero, se posiciona a la Fiscalía de Querétaro como la tercera institución con mayor efectividad en el esclarecimiento de carpetas de investigación a nivel nacional.
Desde el primer estudio presentado por Impunidad Cero, Querétaro se ha encontrado entre los primeros lugares, en conjunto con los estados de Guanajuato, Nuevo León y Baja California. En el caso de la Fiscalía de Querétaro, cada año ha evolucionado, en 2018 se colocaba en la sexta posición, y en el 2019 se posiciona en el lugar número 3 con mayor efectividad en procuración de justicia, en el país.