Los cantos eran plegarias y danzas, reverencias; los alimentos derivados del maíz simbolizaban la esencia de los dioses, pero en el siglo XVI, los españoles erigieron una capilla a la Santa Cruz que, en 1679, fue convertida en iglesia de la Virgen del Carmen.
La celebración se hacía el 16 de julio y, con el tiempo, los ritos de los antiguos pobladores se fueron fundiendo con el catolicismo generando una nueva forma religiosa.
La Guelaguetza o Guendalezaa, cuyo significado zapoteca es «reciprocidad, cooperación» , se convirtió en una hibridación de culturas y religiones. Por más de tres siglos la festividad cobró fuerza; pero en la segunda mitad del siglo XIX, durante la Reforma, las celebraciones religiosas poco a poco decayeron.
La festividad resurgió en 1932 con la celebración de los 400 años de la fundación de la Antigua Villa de Antequera, hoy ciudad de Oaxaca.
Con el transcurso del tiempo, la Guelaguetza se transformó en espectáculo cultural, y en el Dani Lao Nayaalaoni, hoy Cerro del Fortín, se hace un despliegue musical, dancístico y de atuendos tradicionales de los pueblos oaxaqueños, y en forma simbólica recuerda la reciprocidad entre ellos.
El Instituto Nacional de Antropología e Historia informó que su fonoteca posee una colección de más de 18 mil soportes de acervos fonográficos, reunidos a partir de 1964 por antropólogos como Irene Vázquez Valle y Arturo Warman Grij.
Para las investigaciones, los especialistas destinaron grabaciones de música huichol, tenek, nahua, mixteca, tzoltzil, mayo, entre otras, que actualmente conforman la plataforma de la colección más importante de música tradicional y popular de América Latina, y en la cual está la música de la Guelaguetza.